氦离子化气相色谱仪系统采用两阀三柱的中心切割与反吹技术，通过工作站设置的时间程序自动控制其进样、切换、切割与反吹等过程。样品经该系统分离后被载气带入检测器，样品分子或原子被氦气放电发出的光子离子化而产生电子，放射的电子在偏压电场的作用下被收集极捕获形成电压信号，这个信号经过放大处理后即为该样品的色谱峰。
氦离子化气相色谱仪开机步骤：
1.打开高纯氦气气源阀门，调节输出压力为0.4MPa左右（检测器出口处气流量为30mL/min柱流量+30mL/min检测器流量），通气30分钟置换系统内空气。
2.打开仪器主机，电脑电源，确认系统充分置换干净后接通纯化器电源。
3.点击电脑桌面的“clarityshimadzu”图标或通过选择开始-所有程序ClarityShimadzu-ClarityShimadzu色谱工作站命令启动程序。（此操作步骤前必须保证USB硬件密码锁已插在电脑上，切勿丢失！）
4.在工作站中调用已存方法或编辑新方法，等所有温度条件达到仪器设定值（进样口100℃，柱箱90℃，检测器150℃）。
5.打开检测器的放电器开关，观察基线是否稳定（基电流<20mV）。
6.待基线稳定后填写样品信息，将样品气接到进样阀上，多次冲洗定量管后保持一恒定流量，点击仪器面板上“start”键启动分析。
氦离子化气相色谱仪关机步骤：
1.样品检测完成后，关掉检测器的放电器开关，把进样口，检测器和柱箱温度降到室温，降温过程中切勿关闭气源。
2.退出工作站，关电脑和仪器主机电源。
3.因系统所需稳定时间较长，如仪器经常使用不建议关闭气源，可适当调小压力（0.2MPa左右）以节省载气。
4.如确需关闭气源（如换气），必须待纯化器充分冷却后（12小时以上），堵住纯化器出口憋压五分钟，然后迅速断开纯化器进口并堵死。关闭气源总阀门。
